Đồng bằng sông Cửu Long là bộ phận của châu thổ sông Mê Kông có diện tích 40,6 nghìn km². Có vị trí nằm liền kề vùng Đông Nam Bộ, phía Bắc giáp Campuchia, phía Tây Nam là vịnh Thái Lan, phía Đông Nam là Biển Đông.

Các điểm cực của đồng bằng trên đất liền, điểm cực Tây ở phường Mỹ Đức, thành phố Hà Tiên, tỉnh Kiên Giang; cực Đông ở xã Thừa Đức, huyện Bình Đại, tỉnh Bến Tre; cực Bắc ở xã Hưng Điền A, huyện Vĩnh Hưng, tỉnh Long An; cực Nam ở xã Đất Mũi, huyện Ngọc Hiển, tỉnh Cà Mau. Ngoài ra, còn có các đảo xa bờ của Việt Nam như Đảo Phú Quốc, quần đảo Thổ Chu, Hòn Khoai.

Về phía tây, Đồng bằng sông Cửu Long được giới hạn bởi sông Châu Đốc và kênh Vĩnh Tế một dòng kênh nhân tạo chảy dọc theo biên giới Việt Nam-Campuchia, nhận nước sông Hậu Giang qua sông Châu Đốc tại Thành phố Châu Đốc đổ nước ra Vịnh Thái Lan, giới hạn một vùng đất thấp ngập nước theo mùa gọi là tứ giác Long Xuyên.

Ở khu vực giữa hai dòng sông Hậu và sông Tiền, Đồng bằng sông Cửu Long được giới hạn đầu nguồn bởi các dòng kênh nối ngang tại 2 huyện thị đầu nguồn Tân Châu và An Phú của tỉnh An Giang như kênh Vĩnh An,...

Về phía đông bắc và đông, Đồng bằng sông Cửu Long được giới hạn bằng hàng loạt các dòng sông kênh rạch liên thông với nhau, chảy dọc theo biên giới Việt Nam-Campuchia, (giới hạn vùng đất trũng khác ngập nước theo mùa là vùng Đồng Tháp Mười), và đều là phân lưu của sông Mekong: hoặc trực tiếp của dòng chính sông Tiền Giang, hay nhận nước gián tiếp qua một phân lưu chính của Mekong là Preak Banam đổ ra biển Đông qua sông Vàm Cỏ Tây (sông Vàm Cỏ) và các cửa của sông Cửu Long. Giới hạn phía đông bắc và đông của Đồng bắng sông Cửu Long là các dòng sông kênh rạch sau: sông Sở Thượng (chảy trên biên giới Việt Nam-Campuchia, nhận nước sông Mekong qua Preak Banam), sông Sở Hạ (chảy trên biên giới Việt Nam-Campuchia, nhận nước sông Mekong qua Preak Trabeak phân lưu của Preak Banam), rạch Cái Cỏ (chảy trên biên giới Việt Nam-Campuchia[1], là ranh giới phía bắc của Đồng Tháp Mười[2], nhận nước sông Mekong qua Preak Trabeak một thượng lưu của sông Sở Hạ và rạch Long Khốt), rạch Long Khốt (nhận nước sông Mekong qua Preak Trabeak và Cái Cỏ, thượng nguồn của sông Vàm Cỏ Tây), sông Vàm Cỏ Tây (nhận nước sông Mekong qua rạch Long Khốt và các kênh rạch nối thông với sông Tiền Giang), sông Vàm Cỏ (nhận nước sông Mekong qua sông Vàm Cỏ Tây và các kênh rạch nối thông với sông Tiền Giang), và cuối cùng là sông Soài Rạp (nhận nước sông Mekong qua sông Vàm Cỏ). Các sông Vàm Cỏ Tây, Vàm Cỏ, Soài Rạp mặc dù thuộc hệ thống sông Sài Gòn-Đồng Nai, là hệ thống sông thuộc địa bàn Miền Đông Nam Bộ, nhưng chúng là những dòng sông cuối cùng nhận nước từ sông Mekong về phía đông, đồng thời một trong số chúng (sông Soài Rạp) là ranh giới tự nhiên của 2 tỉnh phía đông Đồng bằng sông Cửu Long là Long An và Tiền Giang với tỉnh thành phía tây của Miền Đông Nam Bộ là Thành phố Hồ Chí Minh, nên lưu vực các sông rạch này (chính là địa bàn tỉnh Long An) cũng là địa bàn ranh giới tận cùng phía đông của Đồng bằng sông Cửu Long với Miền Đồng Nam Bộ.

Đồng bằng sông Cửu Long gồm ba tiểu vùng. Vùng cao ở phía tây gồm các tỉnh đầu nguồn sông Cửu Long là Đồng Tháp, An Giang, Cần Thơ, phần phía tây các tỉnh Long An, Tiền Giang, Vĩnh Long, Hậu Giang và phần phía đông Kiên Giang. Đây là vùng thường bị ngập vào mùa mưa bởi nước sông Cửu Long dâng lên. Vùng thấp ở duyên hải phía đông gồm các tỉnh Bến Tre, Trà Vinh, Bạc Liêu, Cà Mau, phần phía đông Long An, Tiền Giang, Vĩnh Long, Hậu Giang và phần ven biển Kiên Giang. Đây là vùng thường bị mặn xâm nhập vào mùa khô.

Vùng đồng bằng sông Cửu Long của Việt Nam được hình thành từ những trầm tích phù sa và bồi dần qua những kỷ nguyên thay đổi mực nước biển; qua từng giai đoạn kéo theo sự hình thành những giồng cát (đất bằng) dọc theo bờ biển. Những hoạt động hỗn hợp của sông và biển đã hình thành những vạt đất phù sa phì nhiêu dọc theo đê ven sông lẫn dọc theo một số giồng cát ven biển và đất phèn trên trầm tích đầm mặn trũng thấp như vùng Đồng Tháp Mười, tứ giác Long Xuyên – Hà Tiên, tây nam sông Hậu (khu vực ngã ba Hậu Giang, Bạc Liêu và Cà Mau) ở bán đảo Cà Mau.

Cách đây khoảng 8.000 năm, vùng ven biển cũ trải rộng dọc theo triền phù sa cổ thuộc trầm tích Pleistocen từ Hà Tiên đến thềm bình nguyên Đông Nam Bộ. Sự hạ thấp của mực nước biển một cách đồng thời với việc lộ ra từng phần vùng đồng bằng vào giai đoạn cuối của thời kỳ trầm tích Pleistocen. Một mẫu than ở tầng mặt đất này được xác định tuổi bằng C14 cho thấy nó có tuổi tuyệt đối là 8.000 năm (Ngộ, 1988). Sau thời kỳ băng hà cuối cùng, mực mước biển dâng cao tương đối nhanh chóng vào khoảng 3–4 m trong suốt giai đoạn khoảng 1.000 năm (Blackwelder và những người khác, 1979), gây ra sự lắng tụ của các vật liệu trầm tích biển ở những chỗ trũng thấp của châu thổ; tại đây những sinh vật biển như hàu (Ostrea) được tìm thấy và việc xác định tuổi tuyệt đối của chúng bằng C14 cho thấy trầm tích này được hình thành cách đây khoảng 5.680 năm (Ngộ, 1988).

Dưới những ảnh hưởng của môi trường biển và nước lợ, thực vật rừng ngập mặn dày đặc đã bao phủ toàn vùng này, chủ yếu là những cây đước (Rhizophora sp.) và mắm (Avicennia sp.). Những thực vật chịu mặn này đã tạo thuận lợi cho việc giữ lại các vật liệu lắng tụ, làm giảm sự xói mòn do nước hoặc gió, và cung cấp sinh khối cho trầm tích châu thổ (Morisawa M., 1985), và rồi những đầm lầy biển được hình thành. Tại vùng này, cách đây 5.500 năm trước công nguyên, trầm tích lắng tụ theo chiều dọc dưới điều kiện mực nước biển dâng cao đã hình thành những cánh đồng rộng lớn mang vật liệu sét. Sự lắng tụ kéo dài của các vật liệu trầm tích bên dưới những cánh rừng Đước dày đặc đã tích lũy dần để hình thành một địa tầng chứa nhiều vật liệu sinh phèn (pyrit).

Mực nước biển dâng cao, bao phủ cả vùng như thế hầu như hơi không ổn định và bắt đầu có sự giảm xuống cách đây vào khoảng 5.000 năm (Pons L. J. và những người khác, 1982). Sự hạ thấp mực nước biển dẫn đến việc hình thành một mực nước biển mới, sau mỗi giai đoạn như thế thì có một bờ biển mới được hình thành, và cuối cùng hình thành nên những vạt cồn cát chạy song song với bờ biển hiện tại mà người ta thấy ở vùng đồng bằng sông Cửu Long. Một cồn cát chia cắt vùng Đồng Tháp Mười và vùng trầm tích phù sa được xác định tuổi bằng C14 cho thấy có tuổi tuyệt đối vào khoảng 4.500 năm (Ngộ, 1988).

Sự hạ dần của mực nước kèm theo những thay đổi về môi trường trong vùng đầm lầy biển, mà ở đây những thực vật chịu mặn mọc dày đặc (Rhizophora sp., Avicinnia sp.) được thay thế bởi những loài thực vật khác của môi trường nước ngọt như tràm (Melaleuca sp.) và những loài thực thực vật hoang dại khác (Fimbristylis sp.,Cyperus sp.). Sự ổn định của mực nước biển dẫn đến một sự bồi lắng trầm tích ven biển khá nhanh với vật liệu sinh phèn thấp hơn (Pons L. J. và những người khác, 1989).

Sự tham gia của sông Cửu Long đóng vai trò rất quan trọng trong suốt quá trình hình thành vùng châu thổ. Lượng nước trung bình hàng năm của sông này cung cấp vào khoảng 4.000 tỷ m³ nước và vào khoảng 100 triệu tấn vật liệu phù sa (Morgan F. R., 1961), những mảnh vỡ bị bào mòn từ lưu vực sông, mặc dù một phần có thể dừng lại tạm thời dọc theo hướng chảy, cuối cùng được mang đến cửa sông và được lắng tụ như một châu thổ (Morisawa, 1985). Những vật liệu sông được lắng tụ dọc theo sông để hình thành những đê tự nhiên có chiều cao 3–4 m, và một phần của những vật liệu phù sa phủ lên trên những trầm tích pyrit thời kỳ Holocen với sự biến thiên khá rộng về độ dày tầng đất vùng và không gian vùng (Pons L. J. và csv., 1982). Các con sông nằm được chia cắt với trầm tích đê phù sa nhưng những vùng rộng lớn mang vật liệu trầm tích biển chứa phèn tiềm tàng vẫn còn lộ ra trong vùng đầm lầy biển (Moormann, 1961). Tuy nhiên, độ chua tiềm tàng không xuất hiện trong vùng phụ cận của những nhánh sông gần cửa sông mà tại đây ảnh hưởng rửa bởi thủy triều khá mạnh. Ngược lại, vùng châu thổ sông Sài Gòn, nằm kế bên hạ lưu châu thổ sông Mekong, được biểu thị bởi một tốc độ bồi lắng ven biển khá chậm do lượng vật liệu phù du trong nước sông khá thấp và châu thổ này bị chia cắt bởi nhiều nhánh sông thủy triều và do bởi những vành đai thực vật chịu mặn thì rộng lớn hơn vành đai này ở vùng châu thổ sông Mekong, và kết quả là trầm tích của chúng chứa nhiều axít tiềm tàng (Moormann và Pons, 1974).

Theo công bố của Bộ Tài nguyên và Môi trường (Việt Nam), khoảng 40% vùng đồng bằng sông Cửu Long có thể bị ngập trong nước biển do biến đổi khí hậu.[3] Bên cạnh đó do ảnh hưởng của hiện tượng Elnino, nhiều vùng ven biển của Đồng bằng sông Cửu Long gặp tình trạng hạn hán và nước mặn xâm nhập sâu vào nội địa[4]. Mặt khác trong khi nước biển dâng lên, thì "tình trạng khai thác nước ngầm quá mức là một trong những nguyên nhân gây sụt lún đất ở khu vực TP.HCM và vùng đồng bằng sông Cửu Long".[5][6] Những đề xuất về "bơm bù nước ngầm" để giảm sụt lún thì không được quan tâm thực hiện.[7]

Ngoài ra tác động ở thượng nguồn như nạn phá rừng và một loạt các đập nước đang đưa vào kế hoạch ở Hoa lục, Lào, và Campuchia đã giảm thiểu lượng phù sa bồi đắp ở các cửa sông, khiến vùng ven biển bị ngập dần. So với năm 1990 khi sông Cửu Long đưa 160 triệu tấn phù sa ra biển thì số lượng vào năm 2015 chỉ còn 75 triệu tấn, giảm hơn phân nửa. Lượng phù sa dù ra đến gần biển cũng bị trút bớt vì con người dùng sỏi cát vào các công trình xây cất, gây thiệt hại trầm trọng đến viễn cảnh sống còn của vùng đồng bằng.[8]